此次个人所得税改革的程序较为复杂，因为纳税人遵从新税制需要一定辅导期，征纳双方需要转变征纳方式的适应期，社会需要配套保障的准备期。为让百姓尽早分享改革红利。在全国人大的关心指导下，此次个税改革按照“一次立法、两步实施”的步骤实行。具体如下：

在“一次立法”阶段，提请全国人大常委会修订个人所得税法，初步建立综合分类税制，并于2019年1月1日起实施新税法。同时，授权国务院在新税法实施前，比照新税法相关要素，实施过渡期政策。

在“两步实施”阶段，第一步是2018年10月1日至年底实施过渡期政策，包括：各所得项目仍然维持现行分类征收办法，按月或按次计税；工资薪金所得项目费用减除标准提高至5000元/月，并适用新税率表；劳务报酬、特许权使用费、稿酬计税方式暂不调整，次年不汇算清缴；对个体工商户的生产经营所得和企事业单位的承包承租经营所得，适用5000元/月的投资者减除费用和新的税率表。第二步是2019年1月1日起全面实施综合与分类相结合的个人所得税制，包括：对四项综合所得实行按年综合计税，次年申报期实行自行申报、汇算清缴、多退少补等等。